En los últimos meses, el Laboratorio de Citogenética y Genética Molecular de la Facultad de Veterinaria de Zaragoza, junto con el Servicio de Ganadería de la Diputación Foral de Bizkaia, han emprendido la tarea de la caracterización genética del Poni Vasco o Pottoka. Para ello se ha realizado la puesta a punto de las técnicas citogenéticas que permiten el estudio del cariotipo individual, con el fin de detectar posibles anomalías cromosómicas en esta raza autóctona, capaces de reducir considerablemente la fertilidad. Asimismo, se ha comenzado el análisis de polimorfismos genéticos en proteínas plasmáticas (Albúmina, Proteína de transporte de la vitamina D, Proteína Xk, Transferrina y Post-transferrina). Por otro lado, en el momento actual se ha iniciado el análisis de la variabilidad genética de esta raza mediante marcadores microsatélites. El estudio de marcadores genéticos, tanto proteicos como microsatélites, permite la identificación individual, la realización de pruebas de exclusión de la paternidad y la caracterización y comparación de poblaciones, a fin de reconstruir las relaciones entre ellas, que se reflejan en los llamados árboles y distancias filogenéticas.