La determinación genética del color de la capa en los caballos viene dada por la interacción de los alelos de 5 loci ( C, B, A, E y D), responsables de las capas básicas, y otros loci que pueden modificarlas. Sus efectos e interacciones pueden ayudarnos a fijar las capas permitidas en el estándar racial, ayudándonos a eliminar los genes procedentes de patrones raciales ajenos con el objetivo de la recuperación racial, permitiendo, al mismo tiempo, aceptar o eliminar otras capas dependientes de genes homocigotos recesivos no visibles en el fenotipo pero presentes en el genotipo. El estudio de la herencia del color de la capa de las razas autóctonas españolas nos ha permitido concluir que las razas españolas cuya cría tradicional ha sido muy circunscrita geográficamente poseen un gran número de genes fijados para el color de la capa. El alelo W se ha perdido en todas las razas autóctonas españolas y el alelo D no aparece. No existen los fenotipos umbríos en ninguna raza explotada en España. En el P.R.E. existe una paradoja, al no admitirse animales con capa alazana y sí con la capa isabela, siendo esta última una dilución de la capa alazana (dada por el alelo Ccr).