O propósito desta revisão é focalizar o exercício como modulador da reprodução humana, resumir e integrar os dados atuais referentes ao eixo hipotálamo-hipófise-gonadal na mulher atleta. A prevalência de disfunção menstrual, tal como fase lútea deficiente, oligomenorréia, amenorréia e retardo puberal, é maior entre o grupo de mulheres atletas quando comparado à população geral. Vários fatores podem predispor e contribuir para o desenvolvimento das irregularidades menstruais durante o programa de atividade física, sendo considerados fatores de risco, entre eles, baixo peso, teor de gordura corporal e estados hipoestrogênicos. O hipoestrogenismo pode afetar o pico de massa óssea na puberdade e acarretar perda óssea prematura irreversível. O artigo revisa os efeitos fisiológicos do treinamento físico nos vários sistemas endócrinos e aborda informações clínicas a respeito dos distúrbios hormonais específicos da mulher atleta.