Um programa de amostragens mensais de arrasto de fundo em sete estações de coleta na Baía de Sepetiba foi realizado entre julho de 1993 e junho de 1994 com o objetivo de descrever a estrutura da comunidade de peixes e suas variações espaciais e temporais. Noventa e sete espécies de peixes foram levantadas, compreendendo 70 gêneros e 38 famílias. As famílias Ariidae, Gerreidae, Sciaenidae, Carangidae e Sparidae, nesta ordem, foram as mais abundantes em número, contribuindo com 69,9% do total capturado, enquanto Ariidae, Sparidae, Gerreidae, Haemulidae e Sciaenidae somaram 67,9% do peso total. Genidens genidens, Gerres aprion, Cathorops spixii, Micropogonias furnieri e Chloroscombrus chrysurus, nesta ordem, foram as espécies mais abundantes, contribuindo cada uma com mais de 5% do número total de peixes capturados. O maior número de peixes foi associado às menores profundidades e transparências, enquanto a salinidade apresentou, na maior parte do tempo, valores estáveis em torno de 29%o. Maiores abundâncias de peixes ocorreram entre fins do verão e início do inverno. O número e peso dos peixes foram maiores na zona interna da Baía enquanto o número de espécies foi maior na zona externa, próxima ao limite com o mar. O elevado número de espécies de peixes sugere o importante papel da Baía de Sepetiba como área de criação e desenvolvimento para a comunidade de peixes.