A grande variabilidade genética do HIV-1 se reflete na emergência de partículas virais com características antigênicas e comportamentos biológicos variados, que se constituem como os principais obstáculos para o controle da infecção pelo sistema imune do hospedeiro e para o desenvolvimento de terapias e vacinas. Entre as diversas formas genéticas de HIV, o subtipo C é atualmente a mais disseminada mundialmente, contribuindo com cerca de 56% de todas as infecções, o que sugere que este subtipo pode apresentar características peculiares quanto à capacidade de transmissão. O subtipo C é responsável por cerca de 50% das infecções recentes no sul do Brasil, entretanto, a caracterização dos subtipos não-B no país é ainda muito limitada. O presente estudo teve como objetivo a caracterização biológica e molecular de cepas do subtipo C circulantes no sul do Brasil. Para tanto, 22 amostras de sangue de indivíduos infectados pelo HIV-1 da cidade de Porto Alegre foram processadas. Isolados virais foram obtidos através do co-cultivo com PBMCs de doadores normais. O subtipo foi determinado através do sequenciamento dos genes gag e env. Estas seqüências foram comparadas com seqüências de diferentes origens dos subtipos B, C e F através de métodos filogenéticos. Propriedades fenotípicas de cinco isolados do subtipo C e de dois recombinantes C/B foram investigadas. Para investigar a capacidade de infectar macrófagos e de formar sincícios em células de linhagem T CD4+, estas células foram expostas aos sobrenadantes positivos para HIV-1. Para avaliar o uso preferencial do receptor de quimiocina, células U87 foram expostas aos sobrenadantes infecciosos. Entre as 22 amostras, 8 foram classificadas como subtipo B (36,4%), 6 foram classificadas como subtipo C (27,3%), 1 foi classificada como subtipo F (4,5%), 6 foram classificadas como subtipo C em gag e como subtipo B em env (27,3%) e 1 foi classificada como subtipo B em gag e como subtipo F em env. As seqüências do subtipo C formaram um único grupo monofilético e apresentaram 6 e 18 assinaturas de aminoácidos características em gag e em env, respectivamente. Três padrões distintos de recombinação entre os subtipos B e C foram observados. Todos os 7 isolados virais testados foram capazes de se replicar em macrófagos. Dos cinco isolados do subtipo C, 4 utilizaram exclusivamente o correceptor CCR5 e foram não-indutores de sincícios, enquanto 1 isolado deste subtipo foi capaz de utilizar alternativamente o receptor CXCR4 e de induzir sincícios em células de linhagem. Os isolados recombinantes C/B foram capazes de utilizar ambos os receptores e de induzir sincícios. A região V3 das seqüências do subtipo C foi cerca de 3 vezes mais conservada do que a das seqüências do subtipo B. Os resultados sugerem que os vírus do subtipo C circulantes no Brasil são resultantes de uma introdução única e recente no país e que eventos locais de recombinação entre os subtipos B e C estão ocorrendo em elevadas taxas há mais de 10 anos. O estudo de caracterização biológica confirma a hipótese de que o subtipo C é distinto dos demais quanto à evolução da utilização do correceptor.