Bothrops insularis é uma serpente endêmica encontrada na ilha de Queimada Grande a 35 km do litoral de São Paulo. É uma espécie que, diferentemente das encontradas no continente, se alimenta principalmente de aves, já que não existem mamíferos na ilha. Por essa razão o veneno de B. insularis evidencia a pressão seletiva e a conseqüente adaptação presente sob a forma de uma diversidade de toxinas selecionadas ao longo do tempo para melhor captura deste tipo de presa. A variedade de proteínas, enzimas e peptídeos biologicamente ativos encontrada no veneno representa de 90 a 95% do constituinte total e provavelmente é resultado de genes parálogos que geram novas atividades tóxicas e diversificação estrutural dentro das famílias protéicas. As técnicas proteômicas são excelentes metodologias para obter respostas sobre a complexidade e diversidade de formas protéicas de misturas, já que possuem enorme poder de resolução e são extremamente sensíveis. O objetivo desse trabalho foi aplicar essas técnicas para a análise proteômica do veneno de B. insularis. Inicialmente a amostra foi submetida à eletroforese bidimensional: separação por isoeletrofocalização em gradiente de pH imobilizado (IPG-IEF) seguida de eletroforese em gel de poliacrilamida (SDS-PAGE em condições redutoras). As proteínas foram visualizadas por "Coomassie blue" e o gel analisado no programa Image Master 2D. "Spots" foram selecionados, cortados, descorados, hidrolisados por tripsina e analisados por espectrometria de massa do tipo MALDI-TOF e MALDI-TOF/TOF. Foram identificados 27 ?spots? diferentes, que correspondiam a membros de várias famílias protéicas como metaloproteinases, serinoproteases, fosfolipases, uma glicoproteína de agregação plaquetária, além de um svVEGF. O trabalho teve como enfoque também a caracterização parcial das isoformas de metaloproteases, a deteminação da presença de glicoproteínas, e a caracterização da atividade proteolítica total do veneno, assim como a avaliação de sua possível degradação, o que permitiu uma análise parcial desse sistema biológico complexo, nos aproximando do estudo do funcionamento real dos venenos, onde cada classe enzimática funciona conjuntamente com todas as classes protéicas de forma sinérgica.