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Caracterização genômica da bactéria endossimbiótica do tripanosomatídeo Crithidia deanei e de suas DNA topoisomerases
Leonardo Foti
Location:
http://www.bdtd.cict.fiocruz.br/tedesimplificado/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=78
O principal objeto de estudo do presente trabalho são as DNA topoisomerases do tipo II do endossimbionte, devido ao seu papel essencial tanto nos processos replicação e transcrição, como também na recombinação e segregação dos cromossomos bacterianos. Existem duas topoisomerases do tipo II em bactérias: a DNA girase e DNA topoisomerase IV. A DNA girase introduz superenovelamento negativo no DNA circular, enquanto a topo IV tem como sua principal função a decatenação do DNA durante a segregação dos cromossomos. Para esses estudos foi gerada uma biblioteca genômica do endossimbionte em pUC18 e seqüenciados 7.500 clones inicialmente, abrangendo uma cobertura de 1,2 MB. As seqüências obtidas foram analisadas através do algoritmo BLAST. A análise mostrou que o genoma do endossimbionte apresenta uma grande homologia com os genomas de bactérias do gênero Bordetella, mas diferem no conteúdo A+T, que no genoma do endossimbionte é de aproximadamente 70%, enquanto que no gênero Bordetella é de apenas 32%. Esta estratégia permitiu encontrar as seqüências dos genes que codificam as subunidades A (GyrA)eB (GyrB) da DNA girase. Identificamos também o gene que codifica a topoisomerase III (topo III), mas não fomos capazes de identificar os genes que codificam as enzimas topo IV e topo I (topoisomerase I), que formam juntamente com a DNA girase e topo III o repertório de topoisomerases encontrado em outras bactérias. Baseados nas seqüências dos genes gyrA e gyrB foram desenhados iniciadores para amplificação dos alvos através de PCR. Os produtos das amplificações foram clonados para expressão em E. coli. As proteínas recombinantes foram purificadas para a produção de antissoros policlonais. Ensaio de western blot identificou polipeptídeos específicos com massas moleculares similares àquelas preditas a partir da seqüência dos genes gyrA e gyrB. Análise por imunofluorescência mostrou que os antissoros contra as subunidades A e B da DNA girase reconhecem antígenos específicos do endossimbionte, inoculados por todo o citoplasma da bactéria. Os genes gyrA e gyrB também foram expressos no sistema de expressão de baculovírus, para facilitar a obtenção de proteínas recombinantes solúveis. As duas subunidades foram purificadas em resina de afinidade a metal quelante (Ni-NTA). Outro resultado importante do trabalho foi a identificação de genes cujos produtos fazem parte de vias de biossíntese de vários metabólitos necessários para a célula hospedeira, tal como a ornitina transcarbamoilase, envolvida no metabolismo da ornitina, identificada a partir de estudos bioquímicos.
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Detalles del recurso
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Caracterização genômica da bactéria endossimbiótica do tripanosomatídeo Crithidia deanei e de suas DNA topoisomerases
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| Id. |
30570478 |
| Idioma |
PT
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| Titulo |
Caracterização genômica da bactéria endossimbiótica do tripanosomatídeo Crithidia deanei e de suas DNA topoisomerases |
| Autor(es) |
Leonardo Foti |
| Location |
http://www.bdtd.cict.fiocruz.br/tedesimplificado/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=78
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| Versión |
1.0 |
| Estado |
Final
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| Descripción |
O principal objeto de estudo do presente trabalho são as DNA topoisomerases do tipo II do endossimbionte, devido ao seu papel essencial tanto nos processos replicação e transcrição, como também na recombinação e segregação dos cromossomos bacterianos. Existem duas topoisomerases do tipo II em bactérias: a DNA girase e DNA topoisomerase IV. A DNA girase introduz superenovelamento negativo no DNA circular, enquanto a topo IV tem como sua principal função a decatenação do DNA durante a segregação dos cromossomos. Para esses estudos foi gerada uma biblioteca genômica do endossimbionte em pUC18 e seqüenciados 7.500 clones inicialmente, abrangendo uma cobertura de 1,2 MB. As seqüências obtidas foram analisadas através do algoritmo BLAST. A análise mostrou que o genoma do endossimbionte apresenta uma grande homologia com os genomas de bactérias do gênero Bordetella, mas diferem no conteúdo A+T, que no genoma do endossimbionte é de aproximadamente 70%, enquanto que no gênero Bordetella é de apenas 32%. Esta estratégia permitiu encontrar as seqüências dos genes que codificam as subunidades A (GyrA)eB (GyrB) da DNA girase. Identificamos também o gene que codifica a topoisomerase III (topo III), mas não fomos capazes de identificar os genes que codificam as enzimas topo IV e topo I (topoisomerase I), que formam juntamente com a DNA girase e topo III o repertório de topoisomerases encontrado em outras bactérias. Baseados nas seqüências dos genes gyrA e gyrB foram desenhados iniciadores para amplificação dos alvos através de PCR. Os produtos das amplificações foram clonados para expressão em E. coli. As proteínas recombinantes foram purificadas para a produção de antissoros policlonais. Ensaio de western blot identificou polipeptídeos específicos com massas moleculares similares àquelas preditas a partir da seqüência dos genes gyrA e gyrB. Análise por imunofluorescência mostrou que os antissoros contra as subunidades A e B da DNA girase reconhecem antígenos específicos do endossimbionte, inoculados por todo o citoplasma da bactéria. Os genes gyrA e gyrB também foram expressos no sistema de expressão de baculovírus, para facilitar a obtenção de proteínas recombinantes solúveis. As duas subunidades foram purificadas em resina de afinidade a metal quelante (Ni-NTA). Outro resultado importante do trabalho foi a identificação de genes cujos produtos fazem parte de vias de biossíntese de vários metabólitos necessários para a célula hospedeira, tal como a ornitina transcarbamoilase, envolvida no metabolismo da ornitina, identificada a partir de estudos bioquímicos. |
| Tipo |
PDF |
| Palabras clave |
Crithidia |
| Tipo de recurso |
Electronic Thesis or Dissertation
Tese ou Dissertacao Eletronica
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| Tipo de Interactividad |
Expositivo
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| Nivel de Interactividad |
muy bajo
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| Audiencia |
Estudiante
Profesor
Autor
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| Estructura |
Atomic |
| Coste |
no
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| Copyright |
sí
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Reter o conteúdo dos arquivos por motivos de patente, publicação e/ou direitos autorais |
| Formatos |
PDF |
| Requerimientos técnicos |
Browser: Any |
| Fecha de contribución |
06-sep-2008 |
| Contacto |
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