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Caracterização genômica da bactéria endossimbiótica do tripanosomatídeo Crithidia deanei e de suas DNA topoisomerases
Leonardo Foti
Location: http://www.bdtd.cict.fiocruz.br/tedesimplificado/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=78

O principal objeto de estudo do presente trabalho são as DNA topoisomerases do tipo II do endossimbionte, devido ao seu papel essencial tanto nos processos replicação e transcrição, como também na recombinação e segregação dos cromossomos bacterianos. Existem duas topoisomerases do tipo II em bactérias: a DNA girase e DNA topoisomerase IV. A DNA girase introduz superenovelamento negativo no DNA circular, enquanto a topo IV tem como sua principal função a decatenação do DNA durante a segregação dos cromossomos. Para esses estudos foi gerada uma biblioteca genômica do endossimbionte em pUC18 e seqüenciados 7.500 clones inicialmente, abrangendo uma cobertura de 1,2 MB. As seqüências obtidas foram analisadas através do algoritmo BLAST. A análise mostrou que o genoma do endossimbionte apresenta uma grande homologia com os genomas de bactérias do gênero Bordetella, mas diferem no conteúdo A+T, que no genoma do endossimbionte é de aproximadamente 70%, enquanto que no gênero Bordetella é de apenas 32%. Esta estratégia permitiu encontrar as seqüências dos genes que codificam as subunidades A (GyrA)eB (GyrB) da DNA girase. Identificamos também o gene que codifica a topoisomerase III (topo III), mas não fomos capazes de identificar os genes que codificam as enzimas topo IV e topo I (topoisomerase I), que formam juntamente com a DNA girase e topo III o repertório de topoisomerases encontrado em outras bactérias. Baseados nas seqüências dos genes gyrA e gyrB foram desenhados iniciadores para amplificação dos alvos através de PCR. Os produtos das amplificações foram clonados para expressão em E. coli. As proteínas recombinantes foram purificadas para a produção de antissoros policlonais. Ensaio de western blot identificou polipeptídeos específicos com massas moleculares similares àquelas preditas a partir da seqüência dos genes gyrA e gyrB. Análise por imunofluorescência mostrou que os antissoros contra as subunidades A e B da DNA girase reconhecem antígenos específicos do endossimbionte, inoculados por todo o citoplasma da bactéria. Os genes gyrA e gyrB também foram expressos no sistema de expressão de baculovírus, para facilitar a obtenção de proteínas recombinantes solúveis. As duas subunidades foram purificadas em resina de afinidade a metal quelante (Ni-NTA). Outro resultado importante do trabalho foi a identificação de genes cujos produtos fazem parte de vias de biossíntese de vários metabólitos necessários para a célula hospedeira, tal como a ornitina transcarbamoilase, envolvida no metabolismo da ornitina, identificada a partir de estudos bioquímicos.

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Detalles del recurso

Caracterização genômica da bactéria endossimbiótica do tripanosomatídeo Crithidia deanei e de suas DNA topoisomerases
Id. 30570478
Idioma PT
Titulo Caracterização genômica da bactéria endossimbiótica do tripanosomatídeo Crithidia deanei e de suas DNA topoisomerases
Autor(es) Leonardo Foti
Location http://www.bdtd.cict.fiocruz.br/tedesimplificado/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=78
Versión 1.0
Estado Final
Descripción O principal objeto de estudo do presente trabalho são as DNA topoisomerases do tipo II do endossimbionte, devido ao seu papel essencial tanto nos processos replicação e transcrição, como também na recombinação e segregação dos cromossomos bacterianos. Existem duas topoisomerases do tipo II em bactérias: a DNA girase e DNA topoisomerase IV. A DNA girase introduz superenovelamento negativo no DNA circular, enquanto a topo IV tem como sua principal função a decatenação do DNA durante a segregação dos cromossomos. Para esses estudos foi gerada uma biblioteca genômica do endossimbionte em pUC18 e seqüenciados 7.500 clones inicialmente, abrangendo uma cobertura de 1,2 MB. As seqüências obtidas foram analisadas através do algoritmo BLAST. A análise mostrou que o genoma do endossimbionte apresenta uma grande homologia com os genomas de bactérias do gênero Bordetella, mas diferem no conteúdo A+T, que no genoma do endossimbionte é de aproximadamente 70%, enquanto que no gênero Bordetella é de apenas 32%. Esta estratégia permitiu encontrar as seqüências dos genes que codificam as subunidades A (GyrA)eB (GyrB) da DNA girase. Identificamos também o gene que codifica a topoisomerase III (topo III), mas não fomos capazes de identificar os genes que codificam as enzimas topo IV e topo I (topoisomerase I), que formam juntamente com a DNA girase e topo III o repertório de topoisomerases encontrado em outras bactérias. Baseados nas seqüências dos genes gyrA e gyrB foram desenhados iniciadores para amplificação dos alvos através de PCR. Os produtos das amplificações foram clonados para expressão em E. coli. As proteínas recombinantes foram purificadas para a produção de antissoros policlonais. Ensaio de western blot identificou polipeptídeos específicos com massas moleculares similares àquelas preditas a partir da seqüência dos genes gyrA e gyrB. Análise por imunofluorescência mostrou que os antissoros contra as subunidades A e B da DNA girase reconhecem antígenos específicos do endossimbionte, inoculados por todo o citoplasma da bactéria. Os genes gyrA e gyrB também foram expressos no sistema de expressão de baculovírus, para facilitar a obtenção de proteínas recombinantes solúveis. As duas subunidades foram purificadas em resina de afinidade a metal quelante (Ni-NTA). Outro resultado importante do trabalho foi a identificação de genes cujos produtos fazem parte de vias de biossíntese de vários metabólitos necessários para a célula hospedeira, tal como a ornitina transcarbamoilase, envolvida no metabolismo da ornitina, identificada a partir de estudos bioquímicos.
Tipo PDF
Palabras clave Crithidia
Tipo de recurso Electronic Thesis or Dissertation
Tese ou Dissertacao Eletronica
Tipo de Interactividad Expositivo
Nivel de Interactividad muy bajo
Audiencia Estudiante
Profesor
Autor
Estructura Atomic
Coste no
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Fecha de contribución 06-sep-2008
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