Vinte e oito estirpes de Bacillus thuringiensis autoaglutinantes foram estudadas, mediante o emprego de métodos fenotípicos e genotípicos, com o objetivo de se avaliar a similaridade e a homogeneidade intra-específica entre essas estirpes, isoladas de diferentes nichos ecológicos e distintos locais. Na avaliação da atividade biológica qualitativa foram efetuados bioensaios preliminares contra duas espécies de mosquitos-vetores: Aedes aegypti (vetor do Dengue e Febre Amarela) e Culex quinquefasciatus (vetor da Filariose Bancroftiana). Os resultados da atividade larvicida mostram que 26 estirpes foram patogênicas aos mosquitos-vetores (mortalidade larval gt; 50%) e duas estirpes apresentaram baixa toxicidade (mortalidade larval entre 0% e 20%). Quanto aos caracteres fenotípicos, as estirpes demonstraram, em sua maioria, os mesmos parâmetros característicos para a espécie em estudo. No perfil de resistência, as estirpes revelaram múltipla resistência a antimicrobianos, destacando-se que as 28 estirpes apresentaram 100% de resistência a seis antimicrobianos (Bacitracina, Lincomicina, Penicilina G, Polimixina G, Rifampicina, Vancomicina) e somente dois, Netilmicina e Sulfametoxazol/Trimetoprim, demonstraram 100% de inibição para as estirpes estudadas. A análise das proteínas dos cristais de protoxinas revelaram cinco grupos com perfis protéicos distintos. O principal grupo incluem-se 23 estirpes mosquitocidas, as quais apresentaram o mesmo perfil protéico do sorovar israelensis. Através da eletroforese de isoenzimas, foi observada a presença de três tipos eletroforéticos (TEs). Todas as estirpes mosquitocidas agruparam-se em um único TE. O polimorfismo do DNA, obtido com amplificação do RAPD-PCR, formou para cada um dos seis iniciadores, três diferentes perfis de RAPD para as 28 estirpes autoaglutinantes, possibilitando, desta forma, correlacionar os perfis obtidos com a toxicidade verificada nos bioensaios qualitativos. Todos os amplicons produzidos pelas estirpes autoaglutinantes mosquitocidas, para cada um dos seis iniciadores utilizados, apresentaram-se idênticos ao amplicon produzido pelo sorovar israelensis. Para as estipes atóxicas, cada iniciador reproduziu amplicons distintos, o que demonstra tratar-se provavelmente de sorovares diferentes. Por fim, mesmo não sendo identificada pela sorologia flagelar clássica, as 26 estirpes autoaglutinantes de B. thuringiensis apresentaram na análise isoenzimática e no perfil de RAPD, características compatíveis com aquelas conhecidas em B. thuringiensis sorovar israelensis.