Se ha identificado un putativo transportador tipo ABC de Erwinia chrysanthemi que se ha denominado YbiT. El gen contiguo a ybiT, denominado pab, muestra similitud de secuencia con proteínas de biosíntesis de antibióticos. El mutante ybiT (BT117) retiene toda la virulencia, pero muestra una capacidad reducida para competir in planta contra la cepa silvestre o contra bacterias endofitas. Por lo que el gen ybiT, juega un papel en el fitness in planta de la bacteria. Se ha estudiado la respuesta diferencial de Erwinia chrysanthemi AC4150 y Erwinia chrysanthemi 3937 frente al estrés ácido presente en el apoplasto vegetal. Además, E. chrysanthemi AC4150 no desarrolla una respuesta de tolerancia a ácido, y es sensible a diversos ácidos orgánicos. Se ha obtenido en E. chrysanthemi AC4150 un mutante sensible a ph ácido (5.5) denominado BT119. La secuencia del gen interrumpido en este mutante presenta homología con el gen phoQ de numerosas bacterias. La proteína PhoQ forma parte del sistema de regulación de dos componentes PhoP-PhoQ. El mutante phoQ es incapaz de crecer en un medio a ph menor que 5.5, su nivel de supervivencia en medio ácido es inferior al de la cepa silvestre y es sensible a péptidos antimicrobianos. Además es significativamente menos virulento que la cepa silvestre en endibia y en pera, y su supervivencia a corto y largo plazo en ruibarbo y mandarina, respectivamente esta afectada. También tiene afectada la actividad poligalacturonasa.