O trabalho teve por objetivo determinar a prevalência da Babesia equi e B. caballi em eqüinosda região Norte do Estado do Rio Grande do Sul bem como conhecer as práticas de manejoadotadas e identificar os principais fatores que estão envolvidos na sua transmissão eprevalência. Coletaram-se 380 amostras de sangue, número estatisticamente representativopara a população de eqüinos em estudo, as quais foram analisadas por meio do teste de ELISAe pela reação de imunofluorescência indireta (RIFI) e para a B. caballi foi utilizado o Elisacompetitivo. Do total das amostras, 31,6% e 35,8% foram positivas para B. equi ao teste deELISA e RIFI respectivamente, sendo que, a prevalência de B. caballi foi de apenas 0,86%. Aconcordância entre os testes foi considerada ótima, através do índice Kappa de 0,87. Não foiconstatada nenhuma diferença significativa estatisticamente (p<0,05) entre o sexo, raças efaixas etárias dos eqüinos. De acordo com o presente estudo a região Norte do Estado do RioGrande do Sul é, portanto caracterizada como uma área de instabilidade enzoótica para B.equi e B. caballi oferecendo riscos reais de ocorrência e perdas econômicas causadas porsurtos de babesiose causada por B. equi e B. caballi especialmente em animais sensíveis,procedentes de áreas indenes, comércio de animais, participação em eventos (esportivos ourecreativos dentro ou fora da Região ou Estado) ou mesmo entre animais nascidos naquelaregião. Após a análise dos questionários, os sistemas e as finalidades da criação foram osúnicos fatores que influenciaram na prevalência das babesioses equinas.