Genoma de Moniliophthora perniciosa : montagem e anotação da mitocondria e desenvolvimento de sistema de anotação semi-automatico de genes
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Detalles del recurso
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Genoma de Moniliophthora perniciosa : montagem e anotação da mitocondria e desenvolvimento de sistema de anotação semi-automatico de genes
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| Id. |
37231997 |
| Idioma |
PT
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| Titulo |
Genoma de Moniliophthora perniciosa : montagem e anotação da mitocondria e desenvolvimento de sistema de anotação semi-automatico de genes |
| Autor(es) |
Eduardo Fernandes Formighieri
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| Localización |
http://libdigi.unicamp.br/document/?code=vtls000394895
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| Versión |
1.0 |
| Estado |
Final
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| Descripción |
O genoma mitocondrial (mtDNA) do fungo Moniliophthora perniciosa foi completamente seqüenciado e contém 109103 pb, com 31% de bases GC, porcentagem menor que a encontrada nas seqüências do genoma nuclear (47%). É o maior genoma mitocondrial de fungos descrito até o momento, e seu tamanho é conseqüência de grande espaço intergênico, que contém diversas ORFs com possibilidade de serem confirmadas como novos genes. Análises computacionais indicam a presença de variação no número de mtDNAs/célula nas diferentes bibliotecas, com tendência significativa de menor número de mtDNAs/célula no grupo de bibliotecas proveniente de culturas submetidas a repetidas repicagens. A maioria dos genes típicos (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, sendo a exceção o atp8), todos os rRNAS, tRNAS (foi encontrado pelo menos um para cada aminoácido) e genes das ORFs intrônicas estão orientados no sentido horário. Foram identificados também um gene rps3 e um grupo de ORFs com características semelhantes às dos genes típicos. Surpreendentemente o mtDNA apresenta uma região ocupada por uma estrutura de invertron característica de plasmídeos kalilo-like, integrado de maneira estável ao genoma em todas as variedades do biótipo C, e presente nos demais biótipos testados. Esta seqüência está disponível no GenBank através do número de acesso: AY376688. A outra linha de trabalho foi desenvolvida juntamente com outros bioinformatas do Laboratório de Genômica e Expressão. Foram desenvolvidas ferramentas de mineração e anotação de genes para projetos genoma, sendo os maiores destaques o Gene Projects, que permite mineração e anotação de genes durante o processo de seqüenciamento, e a nova interface de anotação, desenvolvida para otimizar a qualidade e a eficiência da anotação de genes
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| Palabras clave |
Vassoura-de-bruxa (Fitopatologia)
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| Tipo de recurso |
Electronic Thesis or Dissertation
Tese ou Dissertacao Eletronica
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| Tipo de Interactividad |
Expositivo
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| Nivel de Interactividad |
muy bajo
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| Audiencia |
Estudiante
Profesor
Autor
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| Estructura |
Atomic |
| Coste |
no
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| Copyright |
sí
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| Requerimientos técnicos |
Browser: Any
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| Fecha de contribución |
23-feb-2009 |
| Contacto |
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