Uma alternativa aos tratamentos químicos de sementes é o uso de bioprotetores, por meio da microbiolização e, dentre esses, Trichoderma spp. têm sido considerados eficientes no controle de fungos e bactérias. Este trabalho foi conduzido com o objetivo de avaliar a eficiência dos tratamentos de sementes de algodoeiro com os fungicidas carboxin+thiram, carbendazin+thiram e flutolanil, comparando-os com Trichoderma harzianum, na germinação, no vigor das sementes e na promoção de crescimento das plântulas. Foram utilizadas sementes deslintadas de algodoeiro, da cultivar ITA 90, produzidas na safra de 1999/2000 e naturalmente infectadas. As sementes foram tratadas com suspensão de conídios de T. harzianum (10x10(5)conídios/mL), com carboxin+thiram (140g i.a. + 140g i.a./100kg), com carbendazin+thiram (75g i.a.+175g i.a./100kg) e com flutolanil (100g i.a./100kg). O isolado de T. harzianum utilizado na microbiolização foi o mais eficiente obtido em uma seleção realizada em sementes de algodoeiro produzidas no município de Campo Verde, MT. Avaliaram-se a germinação padrão, as emergências em areia e em campo, a germinação à baixa temperatura, o índice de velocidade de germinação, o índice de doença, a massa seca e o comprimento da parte aérea das plântulas oriundas de sementes, com e sem tratamento. Sementes tratadas com T. harzianum, carbendazin+thiram e carboxin+thiram apresentaram porcentagens de germinação e emergência mais elevadas e os dois primeiros proporcionaram também a emergência de plântulas mais vigorosas. Sementes tratadas com carboxin+thiram originaram plântulas menores e com menor massa seca.