A proteína não estrutural NS1, não tem função atribuída na fisiopatologia da infecção, embora haja evidencias de que participe das etapas iniciais de replicação viral. Sabe-se, por outro lado que ela é secretada no plasma de indivíduos infectados nas fases precoces da infecção viral e que o sistema imunológico produz anticorpos precocemente contra essa proteína. Por isso, a proteína NS1 se coloca como candidata a produção de antígeno recombinante a ser utilizada em testes de diagnóstico precoce da infecção. No presente trabalho, como etapa preparatória da produção de proteínas recombinante, procurou-se analisar o grau de conservação da proteína em diferentes isolados virais. Amplificamos e seqüenciamos assim o gene NS1 de 3 amostras de vírus dengue sorotipo 1, isolados de pacientes em Porto Velho, durante o surto ocorrido entre fevereiro e abril de 2001. A partir das três amostras seqüenciadas foi definida uma seqüência consenso representativa dessa região do genoma de vírus locais.A seqüência consenso foi, em seguida comparada as seqüências da mesma região do genoma de viris isolados na região sul, nordeste e sudeste do país, publicadas recentemente por Santos e cols, Virus Reseach, 2002) além de cepas de outras regiões do mundo, registradas no GENBANK. Comparando nossas seqüências com as de outras regiões do Brasil, observamos que a taxa de mutação afetando seqüências de aminoácidos entre as proteínas alinhadas, foi de 5,1%;3,63% dessas mutações provocam substituições por aminoácidos com alto grau de similaridade, 0,56% produzem substituições sem nenhum grau de similaridade. Na análise utilizando nossas seqüências derivadas de outras partes do mundo, observou-se taxas de mutação de 4,8%, sendo 3,4% mutações para aminoácidos com elevado grau de similaridade,1,4% de mutações sem nenhum grau de similaridade.